分離與回收的CO2必須運(yùn)送到壓入存儲(chǔ)地。CO2的運(yùn)送方法有油罐汽車(chē)、輸送管道和油船等。采用油罐汽車(chē)運(yùn)送比較普遍，在北美等地主要是采用輸送管道進(jìn)行輸送，它可把水和CO2等輸送并壓入到地下油層，用于增加原油的開(kāi)采量，此技術(shù)被稱為“CO2-EOR（提高石油采收率）”。以前，隨著天然氣的生產(chǎn)，將產(chǎn)生的天然CO2用于EOR，但近年來(lái)在北美實(shí)現(xiàn)了把發(fā)電廠回收的CO2用于EOR。由于日本有關(guān)敷設(shè)管線輸送CO2的法規(guī)的修訂等工作尚未完善，因此在日本敷設(shè)管線輸送CO2還存在許多課題。采用油輪進(jìn)行海上運(yùn)送已取得一些經(jīng)驗(yàn)，日本環(huán)保部正在研究油輪運(yùn)送的成本等事宜。
CCS技術(shù)（CO2回收和存儲(chǔ)技術(shù)）的最后工序是CO2的壓入與存儲(chǔ)。存儲(chǔ)地可以是地底下存儲(chǔ)，也可以是海洋隔離等。適合地下存儲(chǔ)的地層有，油田和天然氣田（枯竭的油田和天然氣田，或適合EOR（提高石油采收率）和EGR（提高天然氣采收率）的油田和天然氣田）、煤層和地下深處鹽水層等。油田和天然氣田原本長(zhǎng)期以來(lái)就是儲(chǔ)藏原油的天然氣的地方。EOR已在壓入CO2后取得了提高采收率的效果。壓入煤層的方法就是讓煤吸收CO2，使煤層穩(wěn)定的方法。
日本幾乎不出產(chǎn)化石燃料，作為適合儲(chǔ)藏CO2的地方是地下深處鹽水層。地下深處鹽水層是含有鹽水的地層，被粘土層等不透水層所覆蓋，可以用于CO2的壓入和存儲(chǔ)。
另外，有研究指出，北美等正在進(jìn)行頁(yè)巖氣的開(kāi)采，把水等壓入地下是導(dǎo)致地震的原因，因此擔(dān)心把CO2壓入地下也會(huì)導(dǎo)致地震。但是，它與采用高壓水來(lái)破壞頁(yè)巖層的頁(yè)巖氣開(kāi)采不同，日本在苫小牧市的試驗(yàn)表明，制定周密的計(jì)劃，并在操作中嚴(yán)格監(jiān)控，萬(wàn)一出現(xiàn)異常馬上停止，不會(huì)破壞地層。因?yàn)橹贫巳f(wàn)全的監(jiān)視體制，所以一般認(rèn)為安全性很高。
壓入并存儲(chǔ)于地底下的CO2在地層中發(fā)生某種程度的擴(kuò)散后，會(huì)溶解于地層水中，經(jīng)過(guò)千年時(shí)間會(huì)變成碳酸鹽礦物等。